1993年9月15和16日，加拿大军队自朝鲜战争结束40年来再一次卷入战争。帕特里夏公主加拿大轻步兵团（Princess Patricia’s Canadian Light Infantry）在克罗地亚与波黑边境的梅达克小镇进行抵御进攻。这是加拿大作为“联合国保护部队”（成立于1992年，简称UNPROFOR）的一部分，在巴尔干地区执行任务，以保卫联合国确定的波黑西北边界保护区的安全。
这些地区的建立旨在保护当地人民以及那些1991年初南斯拉夫共和国分裂时三方内战造成的难民。加拿大军队在梅达克抵抗克罗地亚人的攻击，挽救了许多人的生命。加拿大军队没有伤亡，但克罗地亚部队在这一天半的战争中约有30人阵亡。
南斯拉夫在第一次世界大战后期建国，是一个由不同宗教、种族和语言群体组成的国家。第二次世界大战后，该国在共产主义者约瑟普・布罗兹・铁托（Josip Broz Tito，1892～1980年）的专政下维持统一。接着，南斯拉夫受到斯洛博丹・米洛舍维奇（Slobodan Milosevic）的控制，他利用塞尔维亚人为主导的南斯拉夫国民军（JNA）镇压南斯拉夫民众的分裂情绪。
冷战结束后，南斯拉夫西端的斯洛文尼亚宣布独立。南斯拉夫国民军对这次分裂几乎毫无抵抗，但是当斯洛文尼亚东的克罗地亚从南斯拉夫分裂出去时，一场战争在克罗地亚和南斯拉夫之间爆发了。不久后，位于克罗地亚和塞尔维亚之间的波黑也宣布独立。
克罗地亚人主要信奉罗马天主教，塞尔维亚人主要信奉东正教（附属于俄罗斯东正教教会），而波黑人主要信奉穆斯林。许多世纪以来，持久的对抗导致这三组人群之间互相仇恨和大量杀戮。但在一些地区，特别是萨拉热窝市（即波黑的首都）三种人却几代融合。
1992年末，克罗地亚、波黑和剩余的南斯拉夫（即塞尔维亚-黑山）间爆发了激烈的三方内战。联合国试图敦促三方停火并建立联合国维持和平部队进行监督。加拿大派遣了一个步兵营驻扎在克罗地亚与波黑的边界地区。后来，随着战争的加剧和塞族部队围攻萨拉热窝，加拿大向联合国维持和平部队派出了第二个营，驻扎在萨拉热窝往北约25公里处的维索科。
这个三方内战的特点就是种族清洗——所有三方都非常可怕地极力杀害或驱逐在其境内的少数民族群体。波黑境内的克罗地亚人和塞尔维亚人组成游击队，以帮助其种族或宗教联盟的主要军队。成千上万无辜的平民被杀、致残、遭受酷刑、强奸或被军队赶出家园。
所有三方都认为联合国部队（包括加拿大军队）是同情其他两方的。因此，联合国部队成为所有三方军队的共同目标。维和人员受阻于缺乏重型武器，物资短缺，交战规则（规定士兵对谁和何时他们可以进行防卫性射击），以及缺乏来自纽约联合国总部的有组织有效率的命令。加拿大人和其他联合国维持和平部队的士兵经常受到攻击、骚扰，有时甚至是来自所有三方的羞辱。
在这一时期最著名的加拿大人之一是在萨拉热窝指挥联合国部队的准将麦肯齐（Lewis MacKenzie）。1992年4月至1996年2月，萨拉热窝不断受到塞族人的围攻。麦肯齐受命于1992年春指挥萨拉热窝部队，他最重要的成就是安排开放从萨拉热窝市到机场的道路，允许人道主义航班将粮食和医疗用品运进来。
1995年12月，北约通过代顿和平协定强制性结束内战，然后向波斯尼亚派驻了60, 000名北约和其他部队的士兵。加拿大从已经解散的“联合国保护部队”（UNPROFOR）中撤出，但它对北约最初的执行部队以及1996年12月后的维持部队还是做出了贡献。
2004年北约决定将权利移交给欧洲共同体后，几乎所有加拿大部队都离开了巴尔干。在联合国维持和平部队服务期间，加拿大部队大约有20名士兵阵亡，多人受伤。巴尔干使命让许多加拿大人意识到维护和平已经改变，可能不再起作用。
